L'article 20 de la loi du 17 décembre 2008 relative au financement de la sécurité sociale pour 2009 a mis en place des mesures d'aide, financées par l'employeur avec l'aide de l'Etat, aux salariés pour le financement de leurs frais de déplacement domicile-travail.
Ce nouveau dispositif a pour but d'étendre à toutes les régions le dispositif de remboursement des frais de transport en commun en place en région parisienne tout en encourageant l'utilisation des modes de transport les plus respectueux de l'environnement. Il introduit également des modalités spécifiques de prise en charge des frais de carburant pour certains salariés.
A cette fin, il comporte deux volets :
- la prise en charge obligatoire par l'employeur de la moitié du coût de l'abonnement à des transports collectifs ;
- la mise en place, pour certaines catégories de salariés, d'un mécanisme incitatif et facultatif de prise en charge des frais liés à l'usage d'un véhicule personnel pour les trajets domicile-travail.

En application de l'article 20 de la loi de financement de la sécurité sociale pour 2009, tout employeur doit prendre en charge 50 % des frais d'abonnement à un service public de transport collectif ou de location de vélos engagés par ses salariés pour leur déplacement entre leur résidence habituelle et leur lieu de travail.
Il s'agit de la généralisation à l'ensemble du territoire des dispositions existantes en Ile-de-France. Toutefois, l'employeur est en droit de refuser la prise en charge de ces frais de transport lorsque le bénéficiaire perçoit déjà, pour ses déplacements entre sa résidence habituelle et son lieu de travail, des indemnités d'un montant au moins égal à la prise en charge légale ou lorsque le salarié n'engage pas de frais pour ses déplacements entre sa résidence habituelle et son lieu de travail, notamment quand l'employeur organise lui-même le transport de ses salariés.

Dans l'hypothèse où une prise en charge financière existe mais où son montant est inférieur au dispositif légal, l'employeur devra la compléter à hauteur des 50 % du coût des frais engagés ou mettre en oeuvre le nouveau dispositif légal. De manière facultative, l'employeur peut prendre en charge tout ou partie des frais de carburant ou d'alimentation d'un véhicule électrique engagés pour leurs déplacements entre leur résidence habituelle et leur lieu de travail par certains de ses salariés. Lorsque l'employeur décide de prendre en charge ces frais, tous les salariés remplissant les conditions posées par l'article L. 3261-4 du code du travail doivent bénéficier de cette prise en charge.

D'après une réponse ministérielle publiée au Joan du 3/3/09