La prime transport est exonérée de toutes cotisations et contributions sociales dans la limite de 200 euros par an par salarié. Toutefois, au-delà d'un tel montant, la circulaire interministérielle du 28 janvier 2009 a précisé que les sommes versées par l'employeur peuvent être exclues de l'assiette des cotisations et contributions sociales si elles sont assimilables à des remboursements de frais professionnels dans les conditions définies par la circulaire du 7 janvier 2003 relative aux avantages en nature et aux frais professionnels (III, point 3-4-1).
C'est pourquoi un chef d'entreprise pourra continuer à verser à ses salariés des indemnités kilométriques ou pourra choisir de cumuler ces indemnités avec le versement de la prime transport. Le montant global versé au titre des frais de transport sera exonéré de cotisations et contributions sociales, dans la limite des frais réellement engagés à ce titre par les salariés.
Sur le plan fiscal, la prise en charge des frais de transport entre le domicile et le lieu de travail des salariés par leur employeur constitue en principe un avantage imposable à l'impôt sur le revenu selon les règles des traitements et salaires. Toutefois, le b du 19° ter de l'article 81 du code général des impôts, issu de l'article 20 de la loi n° 2008-1330 du 17 décembre 2008 de financement de la sécurité sociale pour 2009, permet d'exonérer d'impôt sur le revenu cette prise en charge réalisée dans les conditions prévues à l'article L. 3261-3 du code du travail. dans la limite de 200 euros par an, s'agissant des frais de carburant ou des frais exposés pour l'alimentation électrique d'un véhicule.
Dans la situation évoquée, les salariés de l'entreprise qui assure la prise en charge de ces frais pourront désormais prétendre au bénéfice de cette exonération si ces conditions et limites sont respectées. La somme versée par l'employeur au-delà du plafond de 200 euros précité reste imposable dans les conditions de droit commun.