Demi traitement consequence d'arret maladie

Bonjour,
bonjour je suis agent hospitalier social-gardienne logée.J'ai été en longue maladie du 01.01.2004 au 01.01.2006 pour soit-disant depression car on ne trouvé pas le problème médical.J'ai repris le02.01.2006 mais malheureusement les memes symptomes sont revenus et j'ai été hospitalisée en mars2007 et depuis je suis en arret.La commission a noté la meme pathologie.Il a été compté 3 ans donc je me retrouve en demi-traitement.Mais suite à plusieures hospitalisations et opérations(pontages) et des recherches tres approfondies les médecins ont trouvés que c'était la maladie de Takayashu.J'ai revu un expert de la commission qui a signalé que c'était une nouvelle pathologie mais il a noté à partir de mars 2007 et je me retrouve quand meme à demi-traitement.Est-ce normal? Ou que dois-je faire? DE plus mon employeur a-t-il le droit de me reclamer le logement?Je suis un petit fonctionnaire qui touche 500 euros.Merci de bien vouloir me répondre car je ne sais plus ce que je dois faire.