Congés d'un mi-temps thérapeutique

Bonjour,
Je suis salariée à plein temps,mais pour raison de santé(lié à un handicape),j'ai effectué un Mi-temps thérapeutique sur 1ans (soit 17H30 payé par mon employeur sur 2.5 jours"17h30",et 17H30 par la Sécurité social).

Courant l'année précédente j'ai acquis des CP(congés payés "sur mes heures de travail effectués à temps plein),mais dès que je souhaitai avoir 3 jours de congés (pour moi les dimanche 7h/15H,lundi 7h/15h,mardi 7h/10h30 soit 2.5jours"ma semaine de travail"),mon employeur m'en rajoutait 2,5 autres dans la semaine car certe à mi-temps,on travaille moins de temps,mais on à la même quantité de CP qu'un salarié à plein temps!

Avant de connaître ça (car salariée à plein temps),je suis allez voir "énervée"l'assistante des ressources humaines.
j'ai abordé plusieurs thèmes:
-les CP obtenus à temps pleins et retirez par 2 sur mes jours de congés courant mon mi-temps thérapeutique
-les CP positionnés sur les jours d'indemnisation par la sécurité social (me fesant perdre des CP,car jour de rémunération par la sécurité sociale)

Je lui disai que je perdai mes CP,car pendant ces jours,je suis censé ne pas travailler,et être payé par la sécurité sociale!
Elle m'expliqua une nouvelle fois le fonctionnement des CP pour les mi-temps thérapeutiques,mais s'empressa de me rassurer que ces CP seront payé en plus des indemnité de la sécurité sociale! (soit 5jours de CP et 2.5 de la sécurité sociale)

Mais par la suite,au service "PAIE",lors de la délivrance de l'attestation de salaire,on me précise qu'il n'y aura aucune indemnité de la part de la sécurité sociale,dès lors que j'ai été en CP (sur 3 jours demandé dans la semaine,5 comptés).

Et ce mi-temps thérapeutique,en lien avec mon handicape (dont les indemnités,sont non imposable!Vont devoir l'être car payée par mes CP! et non la sécurité sociale)
Alors les ressources humaines ("soit-disant") ou le service paie, QUI CROIRE?ET QUE FAIRE?
Notamment pour les déclarations des impots... pour 2009?
Merci par avance.