Avenant au contrat, heures complémentaires

Oui elle a raison sur le fond : si le contrat de travail a été modifié alors votre temps de travail est devenu de 156 heures, de 130 heures ou de 120 heures. Toute la durée de l'avenant, si vous aviez effectué des heures au dela de 130 ou de 120 par exemple, cela aurait constitué des heures complémentaires rémunérées.
Cela s'apprcéie toujours par rapport à la durée qui est inscrite au contrat initial ou sur les avenants éventuels.

Toutefois, là il s'agit clairement d'un détournement de procédure afin d'éviter d'avoir à vous payer des heures complémentaires.
Contactez l'inspection du travail ou vos syndicats s'il y en a dans l'entreprise, car cette pratique n'est pas tolérée si elle récurrente, et montre bien la volonté d'écarter les dispositions du code du travail.
Vous devriez pouvoir faire intervenir l'inspection du travail par visite ou par courrier éventuellement afin de vous faire rémunérer ces heures.