Accident de travail et fiche de paie

Bonjour,
Je m'excuse par avance si mon post est un peu long, mais j'ai vraiment besoin de renseignements.
Pour la petite histoire, je suis en AT depuis le 22 juin (je le suis encore actuellement), suite à une tendinite à l'épaule.
Je viens de recevoir ma fiche de paie qui, normalement, rend compte du mois de juin. J'ai donc travaillé 3 semaines sur 4 le mois dernier et mon entreprise ne me verse que 412,40€, alors que mon salaire de base est de plus de 1200€ net!!! ça fait cher payé pour une semaine d'absence!!!
J'ai vu également que, sur cette même fiche, étaient affichés mes arrêts du 22/06 au 30/06(mois de juin donc, normal)et ceux du 01/07 au 16/07(ne devraient-ils pas apparaîtrent sur celle du mois prochain?). Sous ces sections est écrit "absence AT(...) -1180,01", puis "paie AT 100%(...)1180,01". Jusqu'ici tout va bien; mais après est écrit "retenue IJSS AT(...) -743,40", puis "Net à garantir(...) -214,79" et là, je sèche!
Mes questions sont donc les suivantes:
- les 2 dernières sections correspondent-elles à ce que la sécu est sensée me verser? Sachant que mon dossier est toujours en cours d'instruction et que je n'ai toujours pas touché d'argent, dois-je m'inquiéter ou est-ce qu'ils me verseront le cumul en retard, une fois mon AT avéré?
- ne comprenant pas pourquoi, en ayant travaillé presque tout le mois de juin, mon salaire était si bas, j'ai effectué mes petits calculs et il semblerait que mon employeur ait soustrait la totalité de ce que me doit la sécu, uniquement sur mon salaire de juin. En a-t-il le droit(puisqu'il figure bien "paiement AT 100%", je présume que c'est ce que j'aurai dû toucher par ma boîte)? Si oui, ai-je un recourt auprès de la sécu pour demander où en est mon indemnisation? Si non, que puis-je faire pour y remédier?
- dernière question: si le traitement de mon dossier traîne, il est possible que ce soit parce qu'un tiers conteste l'AT(d'apèrs un opérateur de la sécu justement). Je sais que ma chef d'équipe a été citée comme témoin et a rempli un questionnaire dans ce sens(le mois dernier), mais ni moi ni mon médecin ou encore mon kiné, n'avont été sollicité pour donner ma version des faits et les symptômes rattachés à mon accident. Est-ce ce genre de situation où c'est la parole du patron contre celle de l'employée sans que je n'ai mon mot à dire? Parce que je sais que dans ma boîte, ils n'hésitent pas à nous faire passer pour des menteurs pour ne pas être pénalisés et je commence vraiment à avoir peur qu'ils ne retournent la situation contre moi...d'autant plus que mon salaire touché paiera tout juste les factures d'août et que je me vois mal devoir rembourser tous les frais médicaux engagés suite à ma blessure!
Je suis désolée d'avoir été si longue mais, s'il vous plaît, aidez-moi à comprendre, je suis perdue!
Merci d'avance...