Contester solde de tout compte

Bonjour, j'ai été licencier, mon préavis a pris fin mi avril, j'ai reçu lundi mon solde de tout compte. mais je ne suis pas d'accord avec le total.
J'ai l'intention de contester mon licenciement devant les prud'hommes, mais je voudrais savoir si je dois envoyer un courrier à mon employeur pour lui dire que je conteste le solde de tout compte, mais sans dire que j'ai l'intention de l'attaquer au prud'homme?
De plus, je voudrais savoir dans le calcul du solde de tout compte, eux se sont baser sur les trois derniers mois où j'étais employé chez eux, sachant que ces mois là on m'a retiré une prime de 500 euros, (prime donné à tout les salariés sauf moi, alors que mon contrat de travail dit que cette prime fait partie intégrante de mon salaire) je voudrais savoir si je peux demander la régularisation de cette prime, car j'avais eu mon responsable au téléphone il y a 2 semaine et il m'avait dit que ces primes me seraient rendu, ce qui n'est pas le cas.??
De plus en regardant mes bulletin de paie sur ces 5dernière années, je vois que mon employeur parfois ne me donné que 250euros au lieu de 500euros, dois je demander la régularisation de ces primes, maintenant ou dois je attendre d'aller au prud'hommes?
Mon indémnité de licenciement a été calculé sur les 3derniers mois alors qu'il aurait été plus avantageux pour moi de faire ce calcul sur 12mois, car mon salaire a fortement diminnué depuis 3mois, il ya un peu plus de 800euros de différence!! :-(
Merci d'avance à ceux qui pourront m'éclairer,