Inaptitude puis licenciement en arret maladie

Bonjour,

je suis en arret maladie depuis novembre 2009 pour une triple scoliose .La medecine du travail m'a declaré inapte le 14 septembre 2010 (date du 2eme certificat d'inaptitude).Mon arret de travail se terminant le 28/08/2010 .Avant hier je suis aller a la SECU et il m'ont dit qu'il fallait que je continue mes arret de travail car j'y avais droit et que ca m'éviterai de ne pas rester sans revenu pendant mon inaptitude.
Du coup hier je suis aller voir mon medecin et m'a fait une prolongation du 28/08 jusqu'au 30/10 + 1 demande d'invalidité a la SECU.

ce matin , en allant voir mon employeur pour le rdv prealable de licenciement il m'a dit qu'il ne pourrait pas me licencier car j'étais en arret maladie.

as t'il raison?
si oui, que puis je faire maintenant?

MERCI POUR VOS REPONSES