Fiscalité sur cession de parts sci en famille

Bonjour à tous,

Il y a un peu plus d'un ans, ma femme & moi même, nous avons fait construire un grand bâtiment qui intègre à la fois les locaux de notre entreprise mais aussi notre logement privé, le tout sur un terrain nu. L’intégralité (terrain+travaux) avait été financé par un prêt bancaire souscrit par une SCI que nous avions créé pour cela et qui est propriétaire de l'ensemble immobilier (murs). Ma femme et moi sommes bien entendu propriétaires de cette SCI à parts égales (co-gérants).

La vie fait que nous allons nous séparer avec ma femme et que nous entamons une procédure de divorce à l'amiable.
Une des raisons de notre séparation vient qu'elle ne se sent pas bien dans ces nouveaux lieux qu'elle n'a pas su s'approprier. Nous avons donc convenu à l'amiable que je garde le bâtiment moyennant un dédommagement à hauteur de la moitié de la totalité de la somme intérêts compris de ce que nous avons déjà payé à la banque depuis un peu plus de deux années que nous remboursons le prêt. Maintenant que la somme a été versée à ma femme, nous allons modifier les statuts de la SCI : ma femme me cèderait 49% de ses parts ce qui fait que j'aurai moi même 99% des parts de la SCI et notre fils de 5 ans récupèrerait 1% des parts.
La SCI sera toujours propriétaire du bâtiment et continuera à finir de payer le prêt bancaire pendant la vingtaine d'années restantes.

Or mon comptable m'a indiqué que la cession de ces parts était taxable à hauteur de 5% du montant de la transaction même si cela se faisait "en famille". J'ai versé 20000€ à ma femme pour cette transaction. Somme qu'elle à réinjecté dans un prêt pour l'achat de sa nouvelle résidence principale.
Je précise que nous n'avons pas encore divorcé et sommes donc toujours mariés en séparation de biens.

Pouvez vous m'indiquer ce qui est taxable exactement ?

Merci par avance pour votre aide !