CP pendant un mi-temps thérapeutique

Bonjour,
Suite à un accident du travail j'ai été qq mois en arrêt complet. En septembre, je me suis battue pour pouvoir retravailler. N'étant pas complètement rétablie de cet accident, le médecin du travail m'à finalement accordé de reprendre mais en mi-temps thérapeutique et ce pendant 3 mois. J'ai donc eu un avenant à mon contrat, pour effectuer 20h par semaine au lieu de 35h ( contrat initial).A la fin de ce mi-temps, mon état de santé s'étant assez bien amélioré, j'ai réussi à reprendre mon activité à temps plein avec un accord de la médecine du travail.
Hors, je constate aujourd'hui que pendant mon mi-temps thérapeutique, ( qui je le rappelle faisait suite à un arrêt pour accident du travail) , j'ai perdu des jours de CP en cours d'acquisition. En effet à fin janvier 2017, je devrais être à 20 jours acquis ( 2,5 js par mois × 8 mois , mes CP sont acquis entre le 1er juin et le 31 mai selon notre convention collective ). Néanmoins je me retrouve avec 17,88 js de CP acquis. Déjà c'est un chiffre improbable et difficile à poser, Comment poser 0,88 jour en CP ?!!!
Bref, demandant des explications, mon supérieur m'explique que durant mon mi-temps thérapeutique, j'ai acquis des CP sur la base d'un contrat de 20h. Un CP en contrat 35h pèse 7h, alors qu'un CP en contrat 20h pèse 4h. Du coup pendant 3 mois de mi-temps, j'ai cumulé des CP de 4h et non pas des CP de 7h ! Et une fois repassée à mon contrat initial de 35h, ces CP ont été converti sur une base de 35h, ce qui donne ce nombre de jours de CP un peu étrange 17,88 !
J'ai essayé de me renseigner auprès de l'inspection du travail sur la véracité de ces calculs. Au téléphone, le conseiller avait l'air de dire qu'il trouvait ça bizz are et que d'après lui je n'aurais pas du perdre de CP en mi-temps thérapeutique faisant suite à un accident de travail. Mais n'étant pas sur de lui, il m'à dit qu'il allait faire des recherches précises de texte sur ce cas et qu'il m'enverrait la réponse par mail un ou deux jours après. Malheureusement je n'ai pas de nouvelles. D'ici qq jours, je retenterai ma chance pour le rappeler à l'inspection du travail mais j'avoue que si je peux obtenir une réponse via ce site, cela m'arrangerait car il est très difficile de réussir à joindre le service de l'inspection par téléphone ( il m'aura fallu 43 essais pour réussir à parler à qu'un !).
Bref, pouvez vous me renseigner ?
Car en gros, avec l'explication de mon supérieur qui m'à été fourni, ça voudrait dire que j'aurais mieux fait de rester en arrêt complet pour accident de travail , là , j'aurais continué non seulement à avoir mon salaire intégral, à acquérir tous mes CP normalement , au lieu de quoi je me suis battue comme une lionne pour rebosser, alors que je n'étais pas sur pied, que ça a été très éprouvant physiquement, tout ça pour perdre des CP au final ? C'est pas possible ? Ce serait comme ça qu'on encourage le travail en France ? Pitié, dites moi que mon boss se trompe et que j'ai bien fait de reprendre le travail plus tôt que prévu ?!!!!