Refus passage seconde année BTS

Bonjour,
Mon fils de 18 ans est en deuxième année BTS Fonderie, il n'a pas pu effectué son stage de 7 semaines à la fin de sa première année car il a été hospitalisé. Il a fourni les arrêts de travail et les justificatifs médicaux au lycée qui lui a répondu d'accord. Seulement à la rentrée, la responsable des stages du lycée l'informe que le rapport de stage est une épreuve pour l'obtention de son BTS et comme il n'a pu effectué celui ci, une lettre explicative à été envoyé au rectorat. La réponse est tombée aujourd'hui, mon fils doit refaire deux années de BTS, c'est à dire recommencer. N'y avait-il pas d'autre solution, tel qu'un oral sur un projet fait en atelier ? Enfin nous voici démunis, est il possible de contester cette décision et si oui quelles sont les démarches.
Merci pour votre réponse.