Bonjour,
Copieux votre menu ! Allons-y.
1) Je suis un peu surpris par la disposition ne prévoyant de l'usufruit que pour votre mère. Je présume donc qu'il s'agit d'un bien propre de votre maman mais, tel que vous décrivez la situation, votre père n'a aucun droit.

2) Au décès de votre maman,votre père possèderait un droit d'occupation temporaire. Ce droit s'applique quand le logement familial est possédé en indivision par le défunt (mais dans votre cas, votre mère n'est pas indivisaire) et des tiers. Dans ce cas, ces tiers auraient droit à une indemnité d'occupation qui serait prélevée sur la succession.
Je vous avoue que cette situation me laisse perplexe.

3) La taxe d'habitation est à la charge de ceux qui occupent le bien (dans votre cas, l'usufruitière et les locataires), l'usage veut que le foncier soit réglé par l'usufruitier.

4) Les travaux d'entretien sont à la charge de l'usufruitier, les grosses réparations, à la charge des nus-propriétaires.
Ci-dessous les articles du code civil faisant référence.
http://www.legifrance.gouv.fr/...

5) La décision de vendre un bien à la demande de l'usufruitier doit être prise avec l'accord unanime des nus-propriétaires indivis. La répartition du produit de la vente se fera selon l'âge de l'usufruitier. Ci-dessous, les valeurs de l'usufruit.
http://www.icedap.com/...

6) Je vous renvoie à la question 4). Mais après tout, si l'usufruitière veut refaire une toiture à sa charge, je ne vois pas que vous ayez intérêt à vous y opposer. Ceci dit, logiquement, il s'agit de "grosses réparations" à la charge des nus-propriétaires.

7) Je suis désolé, je ne comprend pas cette question. Que voulez-vous dire par "intégrer le lot 2" ?
Cordialement.

Re-
Au décès d'un usufruitier, son droit, l'usufruit, rejoint la nue-propriété sans formalité ni frais. L'enfant ayant reçu le lot 1 ne peut absolument pas revendiquer une part de l'usufruit : c'est légalement impossible.
La succession du donateur ne portera que sur ses biens au moment du décès, sans tenir compte des biens ayant fait l'objet d'une donation-partage.

Pour votre question suivante : la donation-partage porte sur le bien rénové qui est loué en tant que tel. C'est donc à celui qui perçoit le loyer de rembourser l'emprunt. De plus, si je me souviens bien, la donation avec charge de payer les dettes futures du donateur est interdite.
Maintenant, ce qu'il vous faudrait voir, c'est s'il n'y a pas une garantie hypothécaire qui traîne par là, sur un des biens devant être inclus dans la donation-partage.
En cas de décès par contre, l'emprunt doit être assuré.
Cordialement.