Un bail commercial "3,6, 9" est résiliable par le preneur à l'arrivée du terme de chaque triennale (sauf si vous avez renoncé en tout ou en partie à ce droit dans le bail).
Le preneur doit délivrer congé par voie d'huissier (acte extra judiciaire) au moins 6 mois avant l'arrivée du terme visé (attention, une lettre RAR n'est pas suffisante !). Les loyers sont normalement dus jusqu'à la date résiliation (donc dans votre cas, fin octobre 2010 si le bail commençait début septembre 2007).
Vous pouvez cependant vous mettre d'accord avec le propriétaire pour résilier le bail à une autre date que la fin de la triennale en cours, mais il n'a aucune obligation d'accepter.