OK. C'est un bail de 9 ans. Vous êtes libre d'y inscrire les modalités d'indexation du loyer à l'intérieur : sur le cout de la construction ou sur l'indice trimestriel des loyers commerciaux, ou encore le loyer peut-être fonction du chiffre d'affaire (clause recette). Voir ce qu'il est indiqué sur le bail.
La révision triennale est légale, même si elle n'est pas inscrite dans le bail. Mais dans votre cas, vous auriez dû faire cette révision en 2004 et 2007. Or vous ne pouvez pas réclamer ces loyers si vous ne l'avez pas fait avant. Ce n'est pas rétro-actif. Maintenant, vous arrivez en fin de bail, vous devez donc donner un congé, et faire une offre de renouvellement. Sauf si vous souhaitez ne pas relouer ce local.
Si vous gardez le silence (vous ne faites rien), ainsi que le locataire, le bail n'est pas reconduit mais c'est le même bail qui se poursuit pour une durée indéterminée. L'avantage pour vous, c'est que le loyer est alors déplafonné...
Sinon, si vous choisissez d'envoyer le congé avec offre de renouvellement de bail, il doit être demandé par acte d'huissier, 6 mois avant la fin du bail, c'est à dire en septembre 2009 (?). Cette lettre devra contenir le montant du nouveau loyer (fixé librement puisque c'est un nouveau bail que vous proposez). Le loyer ne peut cependant pas être supérieur à la valeur locative (qui est fonction des facteurs locaux de commercialité : bus, métro, grande surface à côté..., des caractéristiques du local : conditions d'accès, surface... , de la destination des lieux : tous commerces, ..., des obligations des parties : le locataire prend en charge tous les travaux, ..., et des prix du voisinnage.
Pour déterminer le nouveau loyer plafond, il convient de multiplier l’ancien loyer (conclu neuf ans auparavant) par le dernier indice connu, puis de le diviser par l’indice publié neuf ans auparavant : http://www.inforeg.ccip.fr/Calculez-votre-loyer-renouvele-fi­che-64-6124.html. Le locataire peut accepter (s'il ne répond pas, c'est qu'il accepte) ou refuser l'offre et s'en aller sans indemnité d'éviction. Il peut accepter le renouvellement et contester le nouveau loyer.