Salaire trop perçu / fonctionnaire

Bonjour,
Je suis fonctionnaire depuis 2004. En septembre 2009 j'ai obtenu une mutation pour changer de département, mais toujours pour le même ministère. Or, à mon arrivée dans mon nouveau département, j'ai perçu 2 salaires : celui du département d'arrivée et celui du département de départ (bulletin de salaire compris). En octobre 2009, j'ai reçu un courrier (sans AR) du secrétariat général du bureau des ressources humaines du département que j'avais quitté m'informant du trop perçu et que cette situation serait régularisée par titre de perception à partir du mois de novembre 2009. Par 2 fois je les ai contacté par téléphone, car fin décembre 2009 aucune régularisation de m'avait été demandée par le trésor public. J'ai déclaré ce montant trop perçu dans ma déclaration d'impôt et me suis retrouvée à payer un impôt (j'étais non imposable jusqu'alors), je n'ai pas touchée ma PPE et, à l'heure actuelle, mon APL est calculée sur la base de cette déclaration d'impôt.
Quelle ne fut pas ma surprise lorsque début février 2011 (moment où j'ai eu en main mon bulletin de salaire) j'ai constaté une "opposition administrative". Après 1 mois de galère et de mails à répétition avec mon organisme payeur actuel, j'ai enfin appris que cette "opposition administrative" faisait suite à une procédure avec échelonnement de paiement pour le salaire trop perçu de septembre 2009. J'ai bien évidement contacté la trésorerie responsable de cette procédure qui m'a informée qu'après avoir envoyé 3 courriers sans réponse (courrier que très honnêtement je n'ai jamais reçu) la procédure avait été mise en place. Via les impôts, j'ai alors appris que je ne pouvais plus demander le recalcul de mon impôt 2009 (à partir du moment où un impôt a été payé on ne peut plus rien faire) et il a fallu que je bataille, et que je menace de passer par le tribunal administratif, avec mon ancienne trésorerie par voie téléphonique pour avoir, le moment venu, un justificatif à fournir aux impôts déduisant les sommes versées pour les déduire de ma déclaration d'impôt (la somme prélevée apparaissant dans mon net imposable mensuellement).
Pour moi, la procédure est abusive : aucun courrier (s'ils avaient été en AR la question ne se poserait pas), mise en place de la procédure sans m'en avertir, et, le seul courrier en ma possession étant celui où il est fait mention de la régularisation en novembre 2009 le délai pour l'administration est-il dépassé et ai-je un recours?
D'avance merci.