Déclaration de travaux et prescription reçu

Bonjour,
pouvez vous m'aidez ? car j'ai déposé en mairie une déclaration de travaux le 15/04/2014 pour une rénovation de toiture et changement des fenetres de toit. Mon dossier est parti est partie à l'ABF (architecte des batiments de france) car nous sommes en perimetre classé.

Ils m'ont demandé un complément d'information que j'ai fournis à la mairie le 6 Juin 2014 AR le 6/6/14 du maire. A partir de ce moment là j'ai donc deux mois d'attente pour obtenir un avis favorable ? pour moi, à partir du 6 Aout 2014 n'ayant eu aucune réponse de la mairie, j'ai donc procédé à l'affichage réglementé des travaux pour un délai de deux mois légalement.
Le 1er septembre 14, je reçois un courrier AR de la maire une PRESCRITION DU MAIRE à une déclaration préalable m'informant un avis défavorable de l'ABF daté du 14 Aout 2014.
Considérant les motifs de l'opposition.
Il est également stiplé ARRETE avec article 1 : il n'est pas fait opposition aux travaux décrits dans la déclaration sous réserve du strict respect des prescriptions mentionnées à l'article 2.

Article 2 : Conformément à l'avis de l'architeche des batiments de France, la toiture sera refaite à l'identique de l'existant (nature, aspect, couleur, U/me des tuiles).

Je voulais donc savoir si dans un premier temps, ils avaient le droit de dépasser le délai de 2 mois pour donner cet avis ? que dois je faire à ce niveau là ?

Si toutefois nous changeons les tuiles comme ils le demandent, cet avis d'opposition sera donc nul et pourrons nous commencer les travaux à partir du 8 Octobre ?
Merci d'avance pour votre aide.
cordialement