Salaires délivrés pendant 3 mois (en 2012) apés démission

Bonjour,
mon mari était ADS (adjoint de sécurité) donc travaillait dans la police .Il a démisionné en juin 2012 pour intégrer une formation de trois mois au sein de la sncf. pendant ces 3 mois il a continuer à percevoir son salaire d'ADS. Or aujourd'hui nous somme le 14/01/2015 la direction générale des finances publiques demandent le remboursement de ces 3 mois de salaires soit une somme de 3600 euros, 2.5 ans après. Sommes nous dans l obligation de payer? l'erreur vient d'eux!
Surtout que mon mari avait un cumul d'heures supplémentaires (assez important) qui ne lui ont jamais été remboursées malgré tous les courriers les justifiant.
Merci de bien vouloir nous conseiller.
cordialement.