Affection longue durée et impots sur le revenu

Bonjour,
Je suis atteint d'une maladie génétique reconnue ALD et j'ai eu un arrêt de travail de 9 mois en 2013. Je suis militaire et j'ai eu le maintien du salaire. Je viens d'être informé que les indemnités journalières ne sont pas soumises à l'IR en cas d'ALD.
J'ai contacté les impôts qui veulent bien étudier mon cas, mais me demandent un justificatif, j'ai bien sûr les justif ALD, mais ils me demandent de justifier des Indemnités journalières car ils ne prendraient pas tout le salaire perçu, ils me parlent de 50% d'indemnités.
C'est justifiable sans doute avec un employeur privé, mais avec l'Etat comment faire, je pense que je n'aurai aucun justificatif. Accepteront ils de prendre 50% ? Ce cas a du aussi se présenter pour des fonctionnaires atteint d'une ALD.
merci à tous