Congés et mi-temps thérapeutique

Bonjour, je travaille dans la fonction publique territoriale. J’ai été mis en congé longue maladie de mi-novembre 2012 à mi-novembre 1015, puis en congé maladie de longue durée à demi traitement jusqu’à mi-mai 2017, date à laquelle j’ai repris mon emploi à mi-temps thérapeutique tous les matins.
Lors de ma reprise, ma DRH m’a informé que j’avais droit aux congés annuels 2016 et 2017 (soit pour notre collectivité 29 jours), sachant que pour chaque matinée prise en congé on me compte également l’après midi en congé (soit une journée entière de congé).
1°) Pouvez-vous m’indiquer s’il est normal que la DRH comptabilise en congé ma demi-journée de mi-temps thérapeutique.
2°) je dispose d’un compte épargne temps, et d’un quota d’heures supplémentaires que j’ai obtenus avant mon arrêt longue maladie. La DRH veut également comptabiliser ma demi- journée de mi-temps thérapeutique dans le calcul de mes congés.
3°) Est il normal que je perde le bénéfice de mes congés annuels pour la période du 1er janvier 2013 au 31 décembre 2015
Je vous précise que je souhaite prendre mes congés avant le 31 mars prochain date de départ à la retraite.
Merci pour votre aide.
Cordialement.