Mis temps therapeutique

Bonjour
je m'appelle Thierry.
je suis cadre dans une petite entreprise, j'ai été arrêté 2 mois pour deux thromboses cérébrales. A la fin de mon arret de travail tout allait bien donc j'ai repris mon poste, et la je me suis aperçu que j'avais du mal a faire des journées complètes, à me concentrer, et j'ai mal a la tète constamment. Pour être dans le respect du droit du travail ma direction a pris le jour même un rendez vous a la médecine du travail nous l'avons pris le 2 septembre et j'ai vu le médecin le 12 septembre. Ce dernier nous a conseillé un mis temps thérapeutique (vu mes symptômes). j'ai pris Rendez vous avec mon médecin traitant le jour même qui lui ma donner rendez vous le 20 septembre pour mettre en place le protocole de mis temps.
Ma question est la suivante comme j'ai repris le travail pendant 3 semaines est ce la caisse d'assurance maladie va me combler mon salaire, car on m'a dit que j'aurais du aller voir mon médecin pendant mon arrêt de travail pour mettre en place ce mis temps et la c'était sur que la caisse d'assuranse maladie me le comblait. qui peu me renseigner a ce sujet.

Cordialement